魚肝油臨床使用大多用來補充維生素A和維生素D；如當蛋雞出現蛋殼質量不好薄殼蛋、破蛋、軟蛋較多或鈣吸收不良引起的癱瘓時使用，在肉雞上也常用于改善肉雞骨骼質量。許多獸醫專家在實踐中發現，魚肝油用于一些疾病的輔助治療，效果很好，現列舉如下：
1.發生呼吸系統疾病（傳支，傳喉，支原體，新城疫，流感等）時，采用魚肝油輔助治療，能有效修復呼吸道粘膜，保護呼吸道上皮細胞的完整性，防止病毒細菌入侵和增強呼吸道免疫宿主的良好性，增強抗體的產生。
2.發生腸道性疾病（腸炎、腸毒綜合征、球蟲等）時，雞群出現腹瀉，水瀉，黃白糞便，腸粘膜大量脫落時，治療時用抗菌素配合魚肝油進行輔助治療應用，能快速修復因病原性和非病原性造成的腸道損傷和腸粘膜的脫落，增強腸道功能，縮短病程，加快雞群恢復。
3.在腎臟疾病或輸卵管疾病發生時輔助使用修復腎小球和腎臟粘膜及輸卵管粘膜。夏季新母雞病且出現零星猝死癥狀時，魚肝油加倍使用效果明顯。此外，魚肝油在對抗家禽熱應激及注射疫苗應激方面也具有較好的效果。
魚肝油之所以有以上作用和其所含成分密切相關，其中VA、VD能促進鈣的吸收利用眾所周知，因此二者作用能有效改善家禽的骨骼及蛋殼質量；同時VA在修復粘膜過程中作用明顯，因此魚肝油在配合治療上述破壞黏膜組織的疾病時，能加快機體黏膜組織的修復，縮短病程，使家禽快速恢復到正常生理狀態。同時VA作為維生素中抗應激作用明顯的維生素（VA、VC、VE）之一，同時具有較好的抗應激作用。