疫苗的安全運輸和保管是保證免疫成功的重要環節之一，在這一過程中，應注意避免高溫和直射陽光，在天氣炎熱時尤其重要。疫苗應在低溫條件保存和運輸，但不同種類疫苗所需的最佳溫度不同。例如，凍干疫苗、濕疫苗需在-20～0℃；而油乳劑疫苗和鋁膠劑疫苗則應避免凍結，最適溫度為2～8℃。這在北方寒冷季節尤應注意，而細胞結合型馬立克氏病疫苗則應在液氮內保存。疫苗應有專人保管，造冊登記，以免錯亂。不同種類、不同血清型、不同毒株、不同有效期的疫苗應分開保存，使用時先用有效期短的后用有效期長的。應經常檢查電冰箱或冷庫的電源及溫度，最好應有備用電源。電冰箱或冷藏柜內如結霜或結冰太厚時，應及時除霜，使冰箱達到預定的冷藏溫度。保存期較長的和較重要的疫苗應與常用疫苗分開保存，并盡可能減少打開冰箱門的次數，尤其是天氣炎熱時，以保持恒定的低溫環境。